Mozart i Schikaneder ściśle współpracowali przy tworzeniu opery. Początkowo pomyśleli o tym utworze jako o operze baśniowej, ale z czasem przekształcił się on w poważniejsze i złożone dzieło poruszające tematy miłości, przyjaźni oraz poszukiwania mądrości i oświecenia.
Muzykę Mozarta do „Czarodziejskiego fletu” charakteryzuje piękno, różnorodność i emocjonalna głębia. Opera zawiera szeroką gamę numerów muzycznych, w tym arie, duety, zespoły i chóry, a także fragmenty instrumentalne, które zwiększają dramaturgię opowieści.
Sukces Czarodziejskiego fletu zapewnił Mozartowi reputację jednego z najwybitniejszych kompozytorów operowych. Jest nadal regularnie wystawiany na całym świecie i uznawany jest za jedno z arcydzieł literatury operowej.