Najwcześniejsze bongosy zostały prawdopodobnie opracowane przez zniewolonych Afrykanów na Kubie, którzy używali ich do tworzenia muzyki i wyrażania siebie. Z biegiem czasu bongosy stały się podstawą kubańskich gatunków muzycznych, takich jak son, rumba i salsa. Zostały one również przyjęte przez inne kraje Ameryki Łacińskiej i ostatecznie rozprzestrzeniły się na cały świat.
Bębny bongo odegrały znaczącą rolę w rozwoju różnych stylów muzycznych, w tym jazzu i jazzu latynoskiego. Na początku XX wieku bongosy zostały wprowadzone do muzyki jazzowej przez znanych perkusistów, takich jak Chano Pozo i Tito Puente. Stały się popularnym instrumentem w różnych zespołach jazzowych i przyczyniły się do fuzji jazzu i rytmów latynoskich.
W Stanach Zjednoczonych bongosy zyskały popularność w latach pięćdziesiątych i sześćdziesiątych XX wieku w ramach eksplozji muzyki latynoskiej. Pojawiały się w muzyce takich artystów jak Tito Puente, Machito i Celia Cruz. Bongosy trafiły także do muzyki rockowej i popowej, gdzie używano ich do dodawania elementu perkusyjnego do piosenek.
Dziś bongosy pozostają niezbędnym instrumentem w wielu gatunkach muzycznych, w tym w muzyce latynoskiej, jazzie i różnych formach muzyki popularnej. Są powszechnie stosowane w zespołach perkusyjnych, a także włączane do programów edukacji muzycznej na całym świecie.
Historia bębnów bongo jest świadectwem ich wszechstronności, ekspresji i zdolności do jednoczenia ludzi poprzez muzykę. Są symbolem wymiany kulturalnej, kreatywności i bogatych tradycji muzyki afro-kubańskiej.