Aphex Twin gra na różnych instrumentach, w tym na syntezatorze, samplerze, automacie perkusyjnym i sekwencerze. Znany jest również z wykorzystywania komputerów i oprogramowania do tworzenia swojej muzyki. Używał różnych programów, w tym Ableton Live, Logic Pro i Max/MSP.
Muzykę Aphex Twin często charakteryzują złożone rytmy, zawiłe melodie i eksperymentalne dźwięki. Uważany jest za jednego z najbardziej wpływowych muzyków elektronicznych swojego pokolenia.