Muzyka Gottschalka jest często opisywana jako „nacjonalistyczna”, ponieważ zawiera elementy amerykańskiej muzyki ludowej i muzyki popularnej. W swoich kompozycjach wykorzystywał także duchowość afroamerykańską i inne elementy muzyki afroamerykańskiej. Muzykę Gottschalka często charakteryzuje wykorzystanie synkopy, improwizacji i wirtuozowskiej techniki fortepianowej.
Do najsłynniejszych kompozycji Gottschalka należą „Bamboula”, „The Banjo”, „The Union” i „The Last Hope”. Wszystkie te utwory muzyczne reprezentują unikalny styl Gottschalka i jego zaangażowanie w tworzenie muzyki wyraźnie amerykańskiej.