Petrucci używa gitar Ernie Ball Music Man od początku lat 90-tych, a jego sygnowane modele należą do najpopularniejszych gitar na świecie. Do jego charakterystycznych modeli należą John Petrucci Majesty, John Petrucci BFR i John Petrucci JPX.
Ibaneza
Petrucci używał także gitar Ibaneza w latach 80. i na początku 90. Jego najsłynniejszą gitarą Ibanez jest Ibanez RG550, którego używał na pierwszych dwóch albumach Dream Theater.
Fender Stratocaster
Petrucci czasami używał także gitar Fender Stratocaster, szczególnie do uzyskania czystych i bluesowych tonów.