Najpopularniejszym strojeniem samej intonacji jest strojenie pitagorejskie. W strojeniu pitagorejskim oktawa (odstęp między dwoma dźwiękami, które brzmią dwa razy wyżej lub niżej od siebie) jest podzielona na 12 równych kroków. Każdy z tych kroków nazywany jest półtonem.
Poniższa tabela przedstawia odstępy między nutami skali chromatycznej w stroju pitagorejskim, wyrażone jako stosunki częstotliwości:
* C:1/1
*C♯:256/243
* D:9/8
* D♯:32/27
* E:5/4
*F:4/3
* F♯:45/32
* G:3/2
*G♯:512/343
* O:5/3
*A♯:6/5
* B:15/8
Jak widać z tabeli, odstępy między niektórymi nutami w stroju pitagorejskim nie są dokładnie równe. Na przykład odstęp między C i C♯ (zwany półtonem) jest mniejszy niż odstęp między D i D♯ (zwany także półtonem). Dzieje się tak, ponieważ odstępy w strojeniu pitagorejskim opierają się na stosunkach małych liczb całkowitych, a nie na równych odstępach.
Nierówne interwały samej intonacji mogą stworzyć bardziej złożony i interesujący dźwięk niż równe interwały strojenia o jednakowym temperamencie. Jednak sama intonacja może być również trudniejsza do zagrania w zgodzie, ponieważ wymaga od muzyków nieznacznego dostosowania wysokości nut, aby dopasować ją do interwałów.