Wojna rozpoczyna się, gdy Portgas D. Ace, dowódca drugiej dywizji Piratów Białobrodego i biologiczny syn Gol D. Rogera, byłego Króla Piratów, zostaje schwytany przez Marynarkę i przeznaczony na egzekucję. Brat Ace'a, Monkey D. Luffy, główny bohater serii, i jego załoga, Piraci Słomianego Kapelusza, próbują uratować Ace'a, co prowadzi do starcia z Marines.
W miarę jak bitwa się nasila, w walkę włączają się potężniejsze jednostki i grupy, w tym trzej Admirałowie Marynarki, Siedmiu Władców Morza, a nawet byli wrogowie Piratów Białobrodego, którzy decydują się walczyć u ich boku. Bitwa naznaczona jest intensywnymi walkami, zdradą i osobistymi ofiarami, gdyż obie strony ponoszą ciężkie straty.
Wojna Paramount ma kilka znaczących konsekwencji dla świata One Piece. Zmienia równowagę sił pomiędzy Marines a załogą piratów, prowadząc do nowej ery piractwa. Ujawnia także ważne informacje na temat historii i tajemnic uniwersum One Piece, w tym prawdziwą naturę Diabelskich Owoców i istnienie Starożytnej Broni.
Ogólnie rzecz biorąc, Paramount War to kluczowe wydarzenie w historii One Piece, które kształtuje przyszłość serii i ma trwały wpływ na postacie i świat, w którym żyją.