Przez całą powieść Jim i jego przyjaciele, w tym doktor Livesey i Squire Trelawney, wyruszają w niebezpieczną podróż, aby odnaleźć skarb przed załogą Silvera. Konflikt zaostrza się, gdy napotykają różne przeszkody, w tym burze, zdradliwy teren i konfrontacje z piratami. Do ostatecznego starcia dochodzi, gdy piraci buntują się i próbują przejąć kontrolę nad statkiem, co prowadzi do kulminacyjnej bitwy pomiędzy Jimem i jego sojusznikami a Silverem i jego ludźmi.
U podstaw konfliktu w „Wyspie skarbów” leży pogoń za bogactwem i chciwością, a także walka o władzę i kontrolę. Motywacje i pragnienia bohaterów stawiają ich w sprzeczności, tworząc napięcie i napięcie w miarę rozwoju historii. Dodatkowo konflikt uwypukla temat walki dobra ze złem, ponieważ Jim i jego przyjaciele reprezentują uczciwość i lojalność, podczas gdy Silver i jego załoga uosabiają oszustwo i zdradę.