Wyniki Geigera i Marsdena wykazały, że:
* Większość cząstek alfa przeszła bezpośrednio przez złotą folię. Było to zgodne z modelem puddingu śliwkowego, ponieważ sądzono, że ładunek dodatni jest rozłożony po całym atomie.
* Niewielka część cząstek alfa została odbita pod dużymi kątami, a niektóre nawet rozproszyły się z powrotem w kierunku źródła. Było to całkowicie nieoczekiwane i nie można było tego wytłumaczyć modelem puddingu śliwkowego.
Te nieoczekiwane wyniki doprowadziły do opracowania nowego modelu atomu przez Ernesta Rutherforda w 1911 r. Zaproponował model nuklearny , który zasugerował, że:
* Atom ma w swoim centrum małe, gęste, dodatnio naładowane jądro. Jądro to odpowiada za większość masy atomu.
* Ujemnie naładowane elektrony krążą wokół jądra w sposób przypominający chmurę.
Model jądrowy z powodzeniem wyjaśnił wyniki eksperymentu Geigera i Marsdena. Zaobserwowane duże odchylenia były spowodowane zderzeniem cząstek alfa z dodatnio naładowanym jądrem, podczas gdy większość cząstek przeszła, ponieważ atom składa się głównie z pustej przestrzeni.
Dlatego jądrowy model atomu potwierdzają wyniki Geigera i Marsdena.