Powieść napisana jest z perspektywy Bruna, dziewięcioletniego niemieckiego chłopca, który nie jest świadomy prawdziwego charakteru pracy ojca i okrucieństw popełnianych w sąsiadującym z ich domem obozie koncentracyjnym. Oczyma Bruna czytelnicy są świadkami wyraźnego kontrastu pomiędzy uprzywilejowanym życiem, jakie prowadzi, a trudną rzeczywistością, z jaką spotyka się Szmuel i inni więźniowie obozu.
Portret bohaterów autorstwa Boyne'a podkreśla destrukcyjne skutki wojny i uprzedzeń zarówno dla jednostek, jak i społeczeństwa. Transformacja Bruna z naiwnego dziecka w osobę, która zaczyna kwestionować otaczający go świat, podkreśla znaczenie edukacji i empatii w walce z nienawiścią i nietolerancją. Przyjaźń Bruna i Szmuela, pomimo barier narzuconych przez ich sytuację, jest potężnym symbolem odporności ludzkiego ducha nawet w obliczu niewyobrażalnego cierpienia.
Co więcej, użycie przez Boyne'a prostego języka i bezpośredniej narracji sprawia, że powaga wydarzeń głęboko przemawia do czytelników, zarówno młodych, jak i starszych. Przedstawiając okropności Holokaustu z perspektywy dziecka, przekazuje głębokie oddziaływanie tych wydarzeń bez uciekania się do graficznych opisów. Podejście to podkreśla uniwersalne przesłanie, że wojna i nietolerancja to niszczycielskie siły, którym należy się przeciwstawić i które należy wyeliminować.
Ogólnie rzecz biorąc, „Chłopiec w pasiastej piżamie” w przejmujący sposób przypomina o konsekwencjach niekontrolowanych uprzedzeń i nienawiści, a także z mocą opowiada się za pokojem, tolerancją i zrozumieniem między ludźmi z różnych środowisk.