Jednym z najbardziej oczywistych elementów spektaklu, który stawia pytania o tolerancję religijną, jest portret Shylocka, żydowskiego lichwiarza. Shylock jest przedstawiany jako okrutny i chciwy człowiek mający obsesję na punkcie pieniędzy i szukający zemsty na Antonio, chrześcijańskim kupcu, który go skrzywdził. Uosabia wiele negatywnych stereotypów, które panowały na temat Żydów w czasach Szekspira, a jego postać często była interpretowana jako antysemicka.
Z drugiej strony w spektaklu są momenty, które podważają te stereotypy i problematyzują ideę uprzedzeń religijnych. Na przykład sam Antonio zmaga się z własnymi uprzedzeniami wobec Żydów, a jego sposób traktowania Shylocka ukazuje mieszaninę pogardy i współczucia. Portia, bohaterka sztuki, argumentuje za znaczeniem miłosierdzia i przebaczenia, aż w końcu przekonuje Shylocka, by okazał miłosierdzie Antoniowi. Wielu krytyków odczytało tę scenę jako wezwanie do tolerancji i zrozumienia.
Innym spojrzeniem na stanowisko sztuki w sprawie tolerancji religijnej jest to, że po prostu odzwierciedla ona realia społeczne i kulturowe czasów Szekspira. Antysemityzm był głęboko zakorzeniony w chrześcijańskim społeczeństwie Europy i Szekspirowi trudno byłoby przedstawić bardziej tolerancyjny pogląd bez narażania się na cenzurę i alienację publiczności. Zatem sztukę można postrzegać raczej jako produkt swoich czasów niż odzwierciedlenie przekonań Szekspira.
Ogólnie rzecz biorąc, Kupiec wenecki to złożona i pełna niuansów sztuka, która oferuje wiele perspektyw na tolerancję religijną i uprzedzenia. Chociaż zawiera pewne elementy antysemickie, przedstawia także chwile współczucia i zrozumienia, które komplikują nasze odczytanie przesłania sztuki. Ostatecznie sztuka zachęca widzów do rozważenia złożoności różnic religijnych i krytycznego zbadania własnych uprzedzeń.