Konstytucje Clarendon: Henryk II wydał w 1164 r. zbiór praw znanych jako Konstytucje Clarendon. Prawa te miały na celu ograniczenie władzy i przywilejów Kościoła w Anglii, szczególnie w odniesieniu do mianowania biskupów i jurysdykcji nad duchowieństwem oskarżonym o przestępstwa. Becket, jako arcybiskup Canterbury, sprzeciwiał się Konstytucjom jako pogwałceniu autonomii Kościoła.
Immunitet kościelny: Henryk II chciał utwierdzić swoją kontrolę nad duchowieństwem i poddać go jurysdykcji sądów królewskich. Becket natomiast uważał, że duchowieństwo powinno podlegać jedynie sądom kościelnym, opowiadając się za prawem Kościoła do kierowania własnymi sprawami.
Mianowanie biskupów: Henryk II chciał mieć wpływ na mianowanie biskupów, zapewniając, że będą wobec niego lojalni i wspierają jego politykę. Becket nalegał, aby wybór biskupów opierał się wyłącznie na zasługach religijnych, bez ingerencji królewskiej.
Konflikt dotyczący jurysdykcji: Konflikt zaostrzył się, gdy urzędnik nazwiskiem Philip de Brois został oskarżony o przestępstwo, czego domagały się zarówno sądy królewskie, jak i sąd kościelny. Becket odmówił wydania urzędnika sądom królewskim, argumentując, że narusza to jurysdykcję Kościoła.
Spór między Henrykiem II a Becketem symbolizował szerszą walkę między monarchią a Kościołem o kontrolę i władzę. Konflikt zakończył się zabójstwem Tomasza Becketa w katedrze w Canterbury w 1170 r. przez rycerzy lojalnych Henrykowi II. Zabójstwo Becketa wywołało znaczną reakcję i ostatecznie doprowadziło do tego, że Henryk II poszedł na ustępstwa i potwierdził przywileje i niezależność Kościoła.