- Moralność i użyteczność (1891):W tej książce Thomson argumentuje, że moralność opiera się na użyteczności, czyli zasadzie maksymalizacji szczęścia i minimalizacji bólu. Broni tego stanowiska przed różnymi zarzutami, w tym przed zarzutem, że prowadzi ono do egoizmu i nie potrafi wyjaśnić moralnego znaczenia niektórych działań.
- Utylitarna teoria prawa (1893):W tej pracy Thomson stosuje zasadę użyteczności do filozofii prawa. Twierdzi, że prawo powinno być zaprojektowane tak, aby sprzyjać jak największemu szczęściu jak największej liczby ludzi oraz że zasada ta powinna być wykorzystywana do interpretacji i oceny przepisów i decyzji prawnych.
- Etyka polityczna (1895):W tej książce Thomson omawia etyczne podstawy instytucji politycznych. Twierdzi, że państwo ma uzasadnienie jako środek promujący dobrobyt człowieka i że najlepsza forma rządów to taka, która najskuteczniej realizuje ten cel.
- Problem zła (1910):W tej pracy Thomson porusza kwestię, dlaczego na świecie istnieje zło, jeśli Bóg istnieje. Twierdzi, że zło nie jest sprzeczne z istnieniem życzliwego Boga i że można je wytłumaczyć zasadą wolnej woli i skończoną naturą człowieka.
- Historia filozofii starożytnej (1921):Książka ta zawiera kompleksowy przegląd historii filozofii od starożytnych Greków do okresu średniowiecza. Thomson omawia głównych filozofów i ruchy filozoficzne tego okresu oraz analizuje ich wkład w filozofię.
To tylko niektóre z dzieł napisanych przez Francisa Paula Thompsona. Był płodnym pisarzem, a jego dzieła wywarły znaczący wpływ na rozwój filozofii moralnej i politycznej.