Telewizja:
* Mężczyźni zachowują się źle (1992-1998): Ten serial komediowy zapewnił Clunesowi sukces w głównym nurcie, grając uroczo nieszczęsnego Gary'ego.
* Doktor Martin (2004-obecnie): Być może najbardziej kultowa rola Clunesa, grającego szorstkiego, ale uroczego lekarza w kornwalijskim miasteczku Portwenn.
* Reggie Perrin (2007–2009): Remake klasycznego brytyjskiego serialu komediowego „The Rise and Fall of Reggie Perrin”.
* Wielka ucieczka (2003): Dwuczęściowy miniserial, w którym Clunes wcielił się w postać Rogera Bushella.
* Jonathan Creek (2000–2016): Pojawił się w kilku odcinkach tej tajemniczej serii jako najlepszy przyjaciel tytułowej bohaterki, mąż Maddy.
* Dowódca (1998-2000): Zagrał główną rolę komandora Jacka Harpera, oficera Royal Naval.
* William i Mary (2003-2010): Pojawił się jako powracająca postać, szwagier tytułowego bohatera.
* Pałac (2008): Zagrał rolę członka rodziny królewskiej w tym satyrycznym serialu komediowym.
* Obława (2019): Wcielił się w rolę DCI Colina Suttona w serialu kryminalnym opowiadającym o schwytaniu Leviego Bellfielda.
* Nos królowej (2001): Wyraził postać gadającego psa „Nos Królowej” w tym serialu dla dzieci.
Filmy:
* Bicie serca (1992): Clunes zagrał w filmowej wersji popularnego serialu ITV.
* Jeziora (2000): Romantyczny thriller, w którym Clunes gra mężczyznę mającego obsesję na punkcie kobiety.
* Wehikuł czasu (2002): Wcielił się w rolę Alexandra Hartdegena, naukowca podróżującego w przyszłość.
* Ostatni detektyw (2003): Thriller detektywistyczny oparty na serii powieści autora Michaela Connelly'ego.
* Trzy i koniec (2011): Czarna komedia, w której Clunes gra starzejącego się piłkarza.
* Legenda Barneya Thomsona (2015): Czarna komedia, w której Clunes wciela się w fryzjera, który przypadkowo staje się seryjnym mordercą.
* SuperBob (2015): Zagrał łagodnie wychowanego mężczyznę, który zmuszony jest zostać superbohaterem.
Nie jest to lista wyczerpująca, ale zawiera niektóre z jego najbardziej znanych i znanych projektów.