1. Kawaler Komandor Orderu Korony Włoch :W 1889 roku król Włoch Umberto I uhonorował Flaglera tytułem Komandora Rycerskiego Orderu Korony Włoch. Ta prestiżowa nagroda została mu przyznana w uznaniu jego wkładu w rozwój turystyki na Florydzie.
2. Legia Honorowa :W 1904 Flagler został odznaczony Legią Honorową, która jest najwyższym odznaczeniem nadawanym przez rząd Francji. Wyróżnienie to zostało przyznane Flaglerowi za osiągnięcia w branży hotelarskiej i wkład w rozwój Riwiery Francuskiej.
3. Medal Roosevelta :W 1915 roku Flagler otrzymał Medal Roosevelta od Narodowej Federacji Obywatelskiej, prestiżowej organizacji zajmującej się promowaniem reform społecznych i gospodarczych. Medal został przyznany w uznaniu wizji, przywództwa i filantropii Flaglera.
4. Stopnie honorowe :Flagler został także doceniony przez kilka instytucji edukacyjnych za swoje osiągnięcia. Otrzymał doktoraty honoris causa m.in. na Stetson University, Rollins College i University of Florida. Stopnie te były wyrazem uznania dla jego wkładu w edukację i zaangażowania w rozwój wiedzy.
5. Wyróżnienia obywatelskie i społeczne :Oprócz tych formalnych nagród Flagler przez całe swoje życie był także uhonorowany przez różne organizacje obywatelskie i społeczne. Otrzymał liczne tablice, certyfikaty i uchwały uznające jego wkład w wzrost i rozwój różnych regionów Florydy.
Te nagrody i wyróżnienia odzwierciedlają wysoki szacunek, jakim Flagler cieszył się przez całe swoje życie. Był powszechnie uznawany za swojego wizjonerskiego ducha, zaangażowanie w budowę przemysłu turystycznego na Florydzie i wysiłki filantropijne, które pozostawiły trwały wpływ na stan.