W tej serii główny bohater, Mikey Kudo, i jego przyjaciele zostają przeniesieni do Cyfrowego Świata i nawiązują więź z partnerami Digimon. Jednakże, zamiast ulegać bezpośredniej transformacji, zostają „połączeni” ze swoimi Digimonami, tworząc hybrydową formę człowieka i Digimona zwaną „Fusion Fighters”. Pozwala im to wykorzystywać zdolności Digimonów i walczyć u ich boku.
Seria porusza tematy przyjaźni, pracy zespołowej i pokonywania wyzwań podczas poruszania się po niebezpieczeństwach cyfrowego świata.